В натоварените пристанища патрулните лодки играят жизненоважна роля в пилотажа. Пилотажът е професионален акт на безопасно насочване на кораби към и извън пристанището или смяна на кейови места в пристанището. Поради сложните условия на пристанищните води, включително опасности като плитчини, рифове и тесни канали, и непознаването на чуждестранните кораби с пристанищната среда, професионалните пилоти са от съществено значение.
Патрулният катер транспортира пилота до пристигащия кораб. След като се запознае с схемата на пристанището, пилотът, разчитайки на професионалните си умения и опит, води безопасно плавателния съд през сложните води до определеното му кейово място. По същия начин, когато плавателен съд тръгва, пилотът достига кораба чрез патрулната лодка и го насочва безопасно от пристанището. Пилотирането е от решаващо значение за осигуряване на нормалната работа на пристанището, подобряване на ефективността на корабоплаването и осигуряване на безопасно корабоплаване, а патрулните лодки са основното транспортно средство за тези задачи.
